Het Koenig Museum is een natuurhistorisch museum en een zoölogisch onderzoeksinstituut in Bonn, Duitsland. Het museum is vernoemd naar Alexander Koenig, die zijn verzameling exemplaren aan de instelling schonk. Het museum werd geopend in 1934.
Het Koenig Museum is één van de belangrijkste natuurhistorische musea in Duitsland. Museum Koenig richt zich op theoretisch onderzoek en educatieve promotie van het brede scala van soorten op aarde, met behulp van interessante en interactieve tentoonstellingen.
Het museum definieert zijn missie als "onderzoek en verklaring van de diversiteit van soorten van de aarde". De hoofdtentoonstelling is getiteld "Unser blauer Planet - Leben im Netzwerk" (onze blauwe planeet - leven in een netwerk). Het toont complexe ecologische systemen door diorama's van de Afrikaanse savanne, een tropisch regenwoud, de poolstreken, woestijnen en Midden-Europa.
